“Mikropenis” veya penis boyutlarının yaşa göre küçük olması, genellikle hormonal eksikliklere bağlıdır. Bazen şişman çocuklarda penis o bölgedeki yağ dokusu içerisine gömülü olabilmektedir. Gömülü penis denilen bu durumu mikropenis ile karıştırmamak gerekir. Bu nedenle penis küçüklüğü yakınmasıyla getirilen hastada öncelikle

Çocuk  Endokrinolojisi uzmanınca muayene ve uygun yöntem ile ölçümler yapılıp yaşa göre penis büyüklüğü grafiği üzerinde değerlendirme yapılarak gerçekten mikropenis olup olmadığı saptanır. Bu değerlendirmede penisin uzunluğu kadar çapı da önemlidir. 
 

Mikropenis var ise bunun nedenine yönelik detaylı öykü, fizik muayene ve laboratuar tetkiklerinden yararlanılır. Mikropenis olgularında hipofiz ve testis hormonlarının eksiklikleri sözkonusu olabilir. Özellikle inmemiş testis ile birlikte mikropenisi olan olgularda hormonal eksiklik olma olasılığı yüksektir.  Tanıda rastgele alınan kan hormon düzeylerinin sınırlı bir yeri vardır (özellikle 6ay-10 yaş arasında).      
 

Gereken olgularda ilaçlı hormonal uyarı testleri her yaşta yapılabilir ve daha ayrıntılı bilgi edinilir. 
 

Mikropeniste çocuğun yaşına ve nedene yönelik olarak bölgesel veya sistemik ilaçlar ile başarılı bir tedavi mümkündür. Küçük çocuklarda öncelikle penis boyutlarını yaşa göre normalleştirerek okul çağında oluşabilecek olası psikolojik sorunları azaltmak hedeflenir. Daha yoğun tedavi ise gereken olgularda ergenlik döneminde (13-14 yaşından sonra) yapılır.